Видео

Алмаз в периодическом ящике

Данное видео иллюстрирует поведение кристаллической струкутры алмаза в периодическом ящике в режиме реального времени.

Разрушение графена

В данном видео-ролике показан динамический процесс продольной деформации графена со структурой атомного каркаса типа armchair, сопровождающийся разрушением атомной сетки. Разрыв связей между атомами углерода начинается вблизи краев листа, причиной чему служит наличие ненасыщенных связей у краевых атомов графена.

Столкновение двух фуллеренов

В данном видео-файле демонстрируется молекулярно-динамический процесс взаимодействия двух фуллеренов С₆₀. Фуллерены начинают сближаться друг с другом с равномерной скоростью. В определенный момент времени, когда фуллерены сблизились на расстояние, достаточное для формирования химической связи, наблюдается сцепление фуллеренов между собой посредством образования ковалентной связи между парой атомов углерода. Когда фуллерены начинают отдаляться друг от друга, их энергия взаимодействия существенно меняется, и как следствие этого наступает процесс разрушения атомной структуры обоих фуллеренов.

Разрушение нанотрубки

Данный видео-фрагмент показывает молекулярно-динамический процесс разрушения нанотрубки с дефектом атомного каркаса в виде поворота связей, под действием осевой деформации растяжения. Процесс разрушения трубки начинается в области атомной сетки, содержащей структурный дефект.

Динамика гидрированного графена – графана с использованием потенциала межмолекулярного взаимодействия REBO

Видео-ролик иллюстрирует поведение гидрированного графена – графана в молекулярной динамике с использованием потенциала REBO для описания межмолекулярного взаимодействия. Графеновый лист, функционализированный водородом с обеих сторон, совершает тепловые колебания, наибольшая интенсивность которых наблюдается на незакрепленных краях листа.

Исследование закономерностей поведения липопротеина высокой плотности на подложке под воздействием иглы (прямой ход)

Видео-файл показывает динамику процесса индентирования липопротеина высокой плотности углеродной нанотрубкой, симулирующей действие иглы атомно-силового микроскопа. По мере приближения трубки липопротеин пытается увернуться от иглы, растекаясь по графеновой подложке. После проникновения трубки в липопротеин белковая структура сохраняет свою целостность.

Самосборка из фосфолипидных молекул и двух протеиновых поясов липопротеина высокой плотности

Для сборки крупнозернистой (КЗ) модели липопротеина высокой плотности было взято 260 КЗ-моделей фосфолипидов типа DPPC и две крупнозернистые нити липопротеинов ApoAI по 920 укрупненных частиц в каждой. Общее количество КЧ составляло 4950. Количество КЗ-частиц воды было взято 20000. Самосборка проводилась в два этапа. На первом этапе было собрано фосфолипидное ядро. На втором этапе два липопротеиновых пояса самозакручивались вокруг фосфолипидного ядра с последующим образованием липопротеина высокой плотности.

Разворачивание нанотора в трубку при разрыве

Данный видео-фрагмент показывает динамику кирального нанотора  после разрыва связей. В течение первых 30 пс в структуре объекта выделялись три участка, сильно отличающихся по форме: центральный участок, имеющий форму дуги, и два краевых участка с формой, близкой к прямой. Переходные зоны между участками образовывали изгибы, которые, практически не меняя формы, подобно волнам, распространялись от краев объекта к его центру со скоростью ~200 м/с. По истечении ~30 пс волны деформации достигали центра структуры и образовывали изгиб сложной формы, по краям которого располагались два почти прямолинейных участка объекта под  некоторым углом друг к другу. По истечении ~60 пс центральный участок объекта распрямлялся, после чего структура, совершая волнообразные движения,  постепенно принимала форму недеформированной нанотрубки. После разрыва связей тор распрямился в трубку в течение 100 пс.

Поведение фуллерена на графене с подложкой

Видео-ролик демонстрирует поведение фуллерена С60 на комплексе графен+подложка в течение 100 пс при температуре ~300 К. Фуллерен хаотично движется по криволинейному графену на подложке, перекатываясь в произвольном направлении. Видно, что дойдя до края, фуллерен движется вдоль него, но не покидает графен. Это обусловлено увеличением отталкивательного барьера ван-дер-ваальсового взаимодействия молекулы с графеном на подложке.

Поведения липопротеина высокой плотности в молекулярной динамике в течение 25 пс

Поведение фуллерена на графене без подложки