Для сборки крупнозернистой (КЗ) модели липопротеина высокой плотности было взято 260 КЗ-моделей фосфолипидов типа DPPC и две крупнозернистые нити липопротеинов ApoAI по 920 укрупненных частиц в каждой. Общее количество КЧ составляло 4950. Количество КЗ-частиц воды было взято 20000. Самосборка проводилась в два этапа. На первом этапе было собрано фосфолипидное ядро. На втором этапе два липопротеиновых пояса самозакручивались вокруг фосфолипидного ядра с последующим образованием липопротеина высокой плотности.